Saat ini, seni pemangkasan tanaman biasa disebut penjing o dan seni ini sangat digemari oleh para pejabat kerajaan.
Perkembangan dari penjing dilakukan oleh para biksu yang beragama Tao, di mana tanaman ini dianggap merepresentasikan salah satu pokok ajaran agama mereka, yakni penciptaan keseimbangan serta keharmonisan manusia dengan alam.
Pada masa pemerintahan dinasti Yuan (1280-1368), banyak pejabat, pelajar, maupun pedagang dari Jepang membawa bonsai ke negaranya, yang kemudian berkembang pesat.
Baca Juga: Punya Wawasan Pas-pasan Soal Adenium? Usaha Pembibitan Bonggol Saja!
Sementara istilah bonsai sendiri muncul pada pemerintahan Kamakura (1192-1333), yang dicatat dalam Kasuga Srhire.
Sejak masa Kamakura, tanaman kerdil ini mulai semakin digemari yang pada akhirnya mencakup seluruh lapisan masyarakat.
Tanaman bonsai semakin digemari di masa pemerintahan Edo (1615-1867), terutama setelah dimunculkan sebagai pemberi warna dalam memperindah lukisan dan syair dalam bentuk southerm sung (semacam seni lukis dan seni sastra pada akhir pemerintahan Edo).
Namun, idealisme dan filsafat bonsai telah banyak berubah selama bertahun.
Bagi bangsa Jepang, bonsai merupakan perpaduan dari kepercayaan kuno yang kuat dengan filsafat timur, yakni keselarasan antara manusia, jiwa, dan alam.
Pada 1914, diadakan pameran bonsai di Jepang untuk kali pertama.